image J 다운로드와 기본 분석 방법 set scale

안녕하세요 실리비우스입니다. 오늘은 미국 nih에서 무료로 제공하고 있는 image J 다운로드 사이트와 프로그램 설치와 기본적인 사용법들을 알려드리고자 합니다. image J는 세포실험을 하시는 분들에게는 거의 필수적인 이미지 분석 툴이고, 세포 실험이 아니라도 나노섬유나 나노입자 등과 같은 물체를 현미경을 통해 이미지를 얻었을 경우에 이미지 자체를 분석하는 훌륭한 연구툴입니다. 

오늘은 image J를 통해서 간단하게 이미지를 켜고 색 별로 분포도를 정량적으로 분석하는 방법에 대해서 간단하게 알아보겠습니다. Image J 프로그램 다운로드는 NIH 홈페이지에서 쉽게 할 수 있습니다. 

Image J 다운로드 사이트

먼저 세포 실험에 있어서 크게 분석을 위해서 사용하는 경우들 중에는 세포의 핵과 Actin을 따로 염색해서 분리하는 경우나 사이즈나 분포도를 분석하는 경우들이 있겠습니다. 이 외에도 세포핵의 분포도를 보기위해서 공초점현미경을(confocal microscopy) 이용한 세포의 깊이나 분포된 모양들을 볼 수도 있습니다. 이러한 세포 등의 모양을 이해하기 위해서 정량적으로 분석하는데 아주 유용한 툴입니다.

먼저 NIH의 공식홈페이지에서

Image J 프로그램을 다운로드 받습니다.

여러가지 다운로드링크를 확인할 수 있지만,

본인의 OS에 맞춰서 다운로드를 받으셔야합니다.

Mac OS용, Linux용, windows용을 

다운로드 받을 수 있구요. 

예시이미지나 소스코드 등을 확인할 수 있습니다.

다운로드를 받은 파일은

아래와 같이 ij150.zip 파일로 

확인할 수 있습니다.

(버전에 따라서 파일명이 약간 다를수가 있습니다.)

zip 파일로 압축이 되어 있으니

압축만 풀면 바로 사용이 가능합니다.

압축을 풀면 위와 같은 파일들이 

포함되어 있는 폴더가 생성이 됩니다.

여기서 다른 파일은 중요하지 않습니다.

imageJ.exe 파일을 눌러서 실행합니다.

image J.exe 파일을 실행하면 

아래와 같은 메뉴들이 보입니다.

파일, Edit, image, process, analyze, plugins, window, help

가 있는데요. 일반적으로 많이 사용하게 되는 것은

Image와 Process, Analyze입니다.

여기서부터는 마치 포토샵을 사용하는 것처럼

응용해서 사용하는 나름인 면도 있지만 

가장 기본적인 것들을 하나씩 포스팅해보도록

하겠습니다.

이미지 파일을 열기 위해서는

간단하게 이미지 파일을 드래그해서

프로그램 화면 위로 드랍해주시면

간단하게 오픈이 됩니다.

아래 사진은 cell infiltration을 본 세포 핵

사진을 켠 사진입니다. 먼저 기본적인 

정보가 그림의 좌상단에 보이고 있습니다.

이러한 이미지 파일을 간단하게 메뉴들을

이용해서 변환 분석할 수 있는 것인데요.

이 이미지는 764 x 591 pixels에 

RGB 형태의 1.7 MB의 이미지 파일입니다.

간단하게 이미지 사이즈를 조정하자면,

아래에서 보이는 바와 같이

Image의 Adjust의 Size를 통해서

간단하게 조정할 수 있습니다.

이 외에 이미지의 color를 통해서 RGB 상태에 따른 형태를 나눠 준다든지 Analyze의 히스토그램을 통한 분포들을 알 수 있습니다. 

모든 현미경 이미지들은 스케일바를 넣어 줘야하는데요. image J를 넣어서 넣어주면 더 정확합니다. 기본적으로 현미경 이미지에는 스케일바가 들어가 있지만, 사이즈를 조절하고 필요한 부분을 자르다가 보면 스케일바가 날아가는 경우가 있습니다. 하지만 그림의 사이즈와 영역 크기 등을 분석하기 위해서는 반드시 스케일을 알아야 되기 때문에 그런 경우에는 위의 그림처럼 스케일바를 날리기전에 직선바를 넣어주고 직선바를 기준으로 set scale해주게 되면 되는데요. 직선바를 알고 있는 scale바의 길이에 맞춰서 그려준 후에, Analyze의 Known distance에 1um나 100 nm와 같이 사이즈를 넣어주게 되면 적절한 화면내의 셀 등 이미지들의 크기를 분석할 때 자동적으로 계산해주게 됩니다.

오늘은 NIH의 모든 연구자들에게 무료로 제공되고 있는 Image J의 다운로드 사이트와 기본적인 사용법들을 알아봤습니다. 앞으로도 지속적으로 업데이트할 예정인데요. 도움이 되셨을면 좋겠네요. 

Image J 다운로드 사이트